Tekst: Lars Bang Simonsen, Testcenter Danmark, Aarhus
"Sætter I det ikke bare ind i en maskine?"
De fleste danskere har ingen anelse om hvor meget arbejde der ligger bag et pålideligt PCR-svar på deres coronaprøve. Nogle af mine venner tror stadig, at jeg er poder og står ude i et eller andet testtelt. Mange andre ved godt, at deres prøve sendes til et laboratorium, men deres forestilling om det er alligevel vag. Nogle tror, at vi sidder og kigger på corona i mikroskop, hvad gavn det så end skulle gøre. Andre tror, at vi blot sætter prøven ind i en maskine og vupti, straks sendes der på mirakuløs vis et svar til borgeren.
Så, hvad sker der i virkeligheden med min coronaprøve til PCR?
I denne artikel vil jeg tage dig i hånden og vise dig din prøves rejse, fra du bliver skrabet i halsen til du får svaret tilsendt på sundhed.dk. Til slut vil jeg desuden besvare de mest almindelige spørgsmål, som jeg får til mit arbejde.
God læsetur.
PODNING
Ak ja, dette første trin kender du alt for godt. Det er træls, men nødvendigt for at vi må møde farmor Ellen til familiefesten.
Podepinden skraber et tyndt lag celler fra indersiden af dit svælg. Hvis cellerne allerede er angrebne af virus, vil de indeholde virus-RNA.
Måske har du lagt mærke til, at poderen bagefter knækker podepindens vatbolle af i et lille rør. Røret sætter han/hun ned i et sort rack. Hvert rack kan indeholde 96 rør.
PRØVEPAKNING, AFHENTNING OG AFLEVERING
Alle indkomne prøver pakkes i racks og i kasser, før de bliver afhentet og fragtet til et af Testcenter Danmarks to analyselaboratorier. Testcenter Danmark består af to afdelinger – Vest og Øst. Hvis du podes i Jylland, sendes din prøve til Vest i Aarhus. Hvis du derimod podes på Sjælland eller øerne, sendes din prøve til Øst i København.
Hos Testcenter Vest i Aarhus, hvor jeg arbejder, tager vi imod op til 25 fragtbiler i løbet af et døgn.
Hvad med Fyn?
Fyn fungerer som "svingstat" i denne sammenhæng. Hvis du er blevet podet på Fyn, kan din prøve blive sendt til enten Øst eller Vest – alt efter hvor smittetrykket for tiden er størst.
Sendes alle prøver til Testcenter Danmark?
Nej, smitteopsporingen i Danmark er delt op i to spor, samfundssporet og sundhedssporet. De fleste "frivillige" tests hører til samfundssporet, og sendes til Testcenter Danmark, der hører under Statens Seruminstitut. Men hvis du testes fordi du har fået lægehenvisning eller er indlagt patient, gravid, ansat i den regionale sundhedssektor eller konkret mistænkt for smittespredning, ja så hører din prøve sandsynligvis til sundhedssporet og sendes til hospitalernes egne laboratorier, ofte kaldet Klinisk Biokemisk Afdeling (KBA). Der findes desuden flere private udbydere af covid-19-PCR-tests.
I denne artikel fokuserer jeg udelukkende på arbejdet hos Testcenter Danmark. Principperne bag prøveforberedelse og PCR er dog de samme hos hospitalerne og flere af de private udbydere.
UDPAKNING OG KLARGØRING
Efter modtagelsen bliver prøverne pakket ud og samlet efter bestemte tidsintervaller. For nemheds skyld benytter vi farvekoder (pink er før kl. 7, grøn er kl. 7-11... osv.). På den måde sikrer vi, at de borgere som først blev podet, også er dem som først får svar.
Der tilføjes 1 negativ og 1 positiv kontrol til hvert rack, inden de sendes videre til yderligere klargøring.
Er det en rigtig positiv?
Ja, de positive kontroller indeholder ægte coronavirus (Wuhan-variant). På den måde sikrer vi, at analysemetoden hele tiden virker, og at hvert rack ikke blot giver falske negative svar. Virusset i de positive kontroller er dyrket i cellekulturer hos Statens Seruminstitut, og inaktiveres ved 95° C i 5 minutter inden brug. Kontrollerne er derfor ikke smitsomme. Alle prøver, inklusive kontroller, bortskaffes efterfølgende som klinisk risikoaffald til forbrænding.
Alle racks centrifugeres for at sikre, at alle vatpinde er i bunden af rørene. Dernæst bliver alle låg fjernet, inden de kommer over i Hamiltonrobotten.
KLARGØRING AF PRØVEMATERIALE
Hamilton er en pipetteringsrobot. Den bruges til at frigive virus fra podepinden ved at tilsætte en væske.
Hver borgers prøverør har en unik QR-kode, som scannes og registreres af robotten. Vi benytter ingen CPR-numre, og alle prøver er derfor anonymiseret når vi modtager dem.
Robotten overfører væsken (kaldet PBS-buffer) til hvert rør, ryster i 10 minutter og herefter overføres prøvemateriale i nye plader.
En Hamilton-kørsel varer ca. 20 minutter.
De nye plader bliver forseglet forsvarligt og pakkes, inden de sendes videre til oprensning, dvs. isolering af RNAet.
ISOLERING AF RNA FRA PRØVEMATERIALE
Inden oprensningen centrifugeres pladerne i to minutter for at sikre, at alt materialet kommer ned i bunden.
Oprensningen foregår på en anden type pipetteringsrobot, en såkaldt Biomek.
Første step i oprensningen er at der tilsættes en væske (lysis-buffer), der bruges til at opløse de angrebne celler fra dit mundsvælg. Ved at nedbryde cellemembranen frigives RNA. Der tilsættes derefter endnu en væske for at binde det frigivne RNA. Denne bindevæske indeholder små jernpartikler kaldet beads. Der anvendes magneter til at trække bindingen ned til bunden, så øvrige komponenter kan vaskes væk. Dernæst tilsættes endnu en væske for at frigive RNA’et helt. Dette bliver så overført til en PCR-plade sammen med en mastermix-blanding. Det er kemien, kort fortalt.
En Biomek-kørsel varer 2 timer.
PCR-pladerne sendes så op til analyse i PCR-laboratoriet.
PCR-ANALYSEN
Så, nu træder vi ind i det allerhelligste, det navnkundige PCR-laboratorie. Engang, før covid-19-pandemien begyndte, følte jeg ofte at det kun var laboratorienørder som mig, der kendte PCR, men i dag virker det som om at alle mennesker har hørt de tre bogstaver.
Hvad er PCR?
PCR er teknisk set en slags kopimaskine. Den kopierer DNA eller, i dette tilfælde, RNA til DNA. Ud fra hvor hurtigt kopieringsprocessen kommer i gang, måler vi hvor meget RNA der oprindelig var i prøven.
Inden processen startes, centrifugeres PCR-pladen. Pladen scannes ind på PCR-maskinen.
Hver PCR-kørsel tager ca. 1 time og 20 minutter.
Prøverne scannes herefter ud, og selve analysen er nu færdig.
SVARUDGIVELSE OG KVALITETSSIKRING
Døgnet rundt (ja, vi arbejder også om natten!) er der personale som tjekker kvaliteten og vurderer alle resultater, før svar sendes ud til borgerne.
Hver prøve vurderes efter analysering for tilstedeværelse af covid-19-virus i et diagram på en computerskærm. En negativ prøve ses som en flad kurve, mens en positiv prøve ses som en stejl s-formet stigning. Jo hurtigere stigningen kommer, desto mere virus har prøven indeholdt.
Vi kvalitetssikrer ved at bruge den positive og den negative kontrol som før nævnt.
Svaret på din prøve sendes nu endelig til sundhed.dk, hvor du kan logge dig på og se svaret.
OFTE STILLEDE SPØRGSMÅL
Hvor lang tid tager analysen?
Fra vi modtager din prøve i kasse til vi sender det endelige svar, går der mindst 4 timer. Dertil skal lægges transporttid i bil. Regeringens målsætning er, at 80 % af borgerne får svar på deres test senest dagen efter at testen er foretaget. Vi når over 90 %, så vi ligger godt over målet (1).
Kan jeg ikke bare få taget en kviktest / hurtigtest / lyntest?
En såkaldt kviktest tager væsentlig kortere tid, men er mindre pålidelig. En kviktest i Danmark er som regel en antigentest, og bygger på et helt andet princip end PCR-testen. Ifølge en sammenligning af flere undersøgelser foretaget af "Ekspertgruppen under det faglige råd om antigentest", har antigentests en følsomhed på 55-85 % (afhængig af om de coronaramte har symptomer) og en specificitet på 99 % (2+3). Det betyder, at du kan være ganske sikker på at du har corona, hvis antigentesten giver et positivt svar. Antigentests tillader imidlertid en høj andel af falske negative resultater. Du kan derfor have corona selvom antigentesten giver et negativt svar, og du bør derfor stadig følge de anbefalede forholdsregler. Du skal altid have en PCR-test, hvis du har konkret mistanke om smitte.
Vær i øvrigt opmærksom på at visse kviktest også bygger på PCR, men stadig har samme lave følsomhed som en antigentest. Kvalitet tager tid.
Hvor mange prøver analyserer I?
Uh, det svinger meget. I skrivende stund (uge 4 2022) analyserer vi over 150.000 borgerprøver i døgnet. Siden Testcenter Danmark blev oprettet i april 2020, er der blevet gennemført over 48 millioner coronatests, heraf 40 millioner hos Testcenter Danmark. Vi har derfor siden start undersøgt ca. 67.000 danskere/døgn i gennemsnit (4). Rekorden fra den 20. december 2021 er på 225.681, men den er muligvis igen blevet slået, når du læser artiklen her.
En så stor analysekapacitet kræver en del udstyr. Hos Testcenter Vest råder vi over 8 Hamilton-robotter, 20 Biomek-robotter og 81 PCR-maskiner. Jeg formoder, at Øst har et tilsvarende antal eller lidt mere.
Hvor mange borgere har du selv testet?
Alle analyser er teamwork, ligesom i en produktion. Min personlige statistik er dog ret god. I den travle periode februar-juli 2021 fuldførte jeg 941 kørsler på enten Hamilton eller Biomek svarende til 442.270 prøver. Det er 1,8 % af alle covid-19-testsvar i Danmark i den angivne periode, eller 2,0 % på samfundssporet alene (5).
Hvad med varianter / mutanter?
En normal PCR viser kun om der er ingen, lidt eller megen SARS-CoV-2 i prøven. Den siger intet om, hvilken type corona der er tale om. Det ville være alt for ressourcekrævende hvis vi skulle undersøge alle prøver for det. Vi plukker i stedet alle positive prøver ud, og prøver med megen virus bliver så undersøgt ved variant-PCR.
Variant-PCR er en metode udviklet til at påvise udvalgte vigtige varianter af SARS-CoV-2, såsom delta og omikron. Metoden virker ved at være målrettet specifikke mutationer, som er karakteristiske for de pågældende varianter (6). Hvis prøven viser sig at være en af disse vigtige varianter, sender vi den videre til helgenom-sekvensering, som vil vise hvilke eventuelle nye mutationer der er kommet frem siden sidst.
Hvad er egentlig forskellen på corona, covid-19 og SARS-CoV-2?
SARS-CoV-2 er virusset, covid-19 er sygdommen og corona er mest en folkelig betegnelse for begge dele. I faglige kredse dækker corona over flere virus, deriblandt SARS-CoV og MERS.
Laver I fejl?
Ork ja, masser.
Hvad?? Laver I virkelig fejl? Åh nej!
Sig mig, hvad havde du selv regnet med? Vi er mennesker, og med op mod 200.000 prøver per dag kan der ske lidt af hvert. Fejl er dog kun en meget lille del af det samlede billede (antagelig ≤1 %), men som professionelle ser vi dem hver dag. Vi benytter derfor et system af tre-bogstav-fejlkoder til at beskrive dem. De tages med i vurdering, inden der sendes svar til borgeren.
Vi kan ofte godt sende et pålideligt svar, selvom der er sket en fejl. For eksempel indebærer en fejl med kontamineringsrisiko muligheden for falsk positivt resultat, men hvis resultatet så viser sig at være negativt, kan vi jo stadig sende det svar (negativ) til borgeren.
Ellers laver vi som regel blot en omkørsel. Kun knap en promille af prøverne ender med et inkonklusivt svar.
Nå, pyha, men hvad er så den mest almindelige fejl I ser?
Helt klart KPS. KPS er når podepinden sidder fast i en pipettespids inde i Hamiltonrobotten. Det sker som regel fordi poderen har knækket podepinden af for højt oppe. Vi skal ellers kun bruge den lille vatbolle. KPS indebærer en kontamineringsrisiko for prøven, men som nævnt ovenfor er det kun et problem for svaret, hvis testresultatet viser sig at være positiv. For os i laboratoriet er det imidlertid et dagligt irritationsmoment, fordi vi hele tiden må gå og vrikke podepinde fri med pincet, og det forsinker arbejdet. Så, bitte, please, kære mange podere, vil I ikke nok godt holde op med at knække podepindene af så højt oppe?
Se mere på tcdk.ssi.dk eller covid19.ssi.dk.
KILDER:
- Svartider: https://tcdk.ssi.dk/vente-og-svartider (Senest set 31. januar 2022)
- Notat: Opfølgning på 1. møde i ”Ekspertgruppe vedr. faglige anbefalinger for anvendelse af SARS-CoV-2 tests”, den 2. november 2020
- Addendum til notat fra ”Ekspertgruppe vedr. faglige anbefalinger for anvendelse af SARS-CoV-2 tests”, den 15. december 2020
- Statens Serum Instituts overvågningsdata: COVID-19-dashboard 10122021 (zip) / Regionalt_DB / 14_testede_pr_test_region_uge, SSI, https://covid19.ssi.dk/overvagningsdata/download-fil-med-overvaagningdata
- Jeg har selv talt hvor mange gange jeg kørte en Hamilton eller Biomek. Jeg har derefter sammenlignet mine tal med SSIs overvågningsdata.
- https://covid19.ssi.dk/diagnostik/delta-pcr-testen